Ο τομέας επιδημιολογίας του ΕΚΤΕΠΝ εφαρμόζει πέντε (5) βασικούς επιδημιολογικούς δείκτες προκειμένου να αποτυπώσει με έναν ποσοτικό, μεθοδολογικά έγκυρο και αντικειμενικό τρόπο την κατάσταση του προβλήματος των ναρκωτικών στην Ελλάδα. Οι δείκτες αυτοί έχουν αναπτυχθεί σε συνεργασία με το Ευρωπαϊκό Κέντρο και με τα υπόλοιπα Εθνικά Κέντρα των χωρών του πανευρωπαϊκού δικτύου REITOX, καθώς και με τη συμμετοχή ειδικών εμπειρογνωμόνων και οργανισμών οι οποίοι ειδικεύονται σε θέματα χρήσης και εξάρτησης από εξαρτησιογόνες ουσίες.