Το ΕΚΤΕΠΝ στο πλαίσιο της συστηματικής παρουσίασης της υπάρχουσας εθνικής πολιτικής και νομοθεσίας για τα ναρκωτικά βρίσκεται σε συνεργασία τόσο με τον Εθνικό Συντονιστή για τα Ναρκωτικά όσο και με τα αρμόδια Υπουργεία και φορείς.  

Ο συντονισμός στον τομέα των ναρκωτικών προβλέπεται στον Νόμο 4139/13 ΦΕΚ Α 74/20/3/2013, σύμφωνα με τον οποίο ανώτερο συντονιστικό όργανο αποτελεί η Διυπουργική Επιτροπή για το Εθνικό Σχέδιο Δράσης κατά των Ναρκωτικών, η οποία αποτελείται από 10 Υπουργούς και τον Πρόεδρο της Διαρκούς Επιτροπής Κοινωνικών Υποθέσεων της Βουλής. Στην Επιτροπή προεδρεύει ο Πρωθυπουργός. Οι αρμοδιότητες της Επιτροπής είναι η έγκριση, η παρακολούθηση και η αξιολόγηση του  Εθνικού Σχεδίου Δράσης για τα Ναρκωτικά. 

Το Εθνικό Σχέδιο Δράσης για τα Ναρκωτικά εκπονεί η Εθνική Επιτροπή Σχεδιασμού και Συντονισμού για την Αντιμετώπιση των Ναρκωτικών, μέλη της οποίας είναι εκπρόσωποι των Υπουργείων που συμμετέχουν στη Διυπουργική Επιτροπή, καθώς και εκπροσώπους του ΟΚΑΝΑ, του ΚΕΘΕΑ, του Ψυχιατρικού Νοσοκομείου Αττικής, του Ψυχιατρικού Νοσοκομείου Θεσσαλονίκης και του ΕΚΤΕΠΝ. Εκτός από την εκπόνηση του Εθνικού Σχεδίου Δράσης για τα Ναρκωτικά, αρμοδιότητα της Επιτροπής είναι η προώθηση των αναγκαίων μέτρων για την εφαρμογή και την παρακολούθησή του, καθώς και η ανάπτυξη διεθνών συνεργασιών. Πρόεδρος της Επιτροπής είναι ο Εθνικός Συντονιστής για τα Ναρκωτικά.

Ο Εθνικός Συντονιστής  για τα Ναρκωτικά ορίζεται από τον Πρωθυπουργό με πενταετή θητεία. Οι αρμοδιότητές του είναι η σύγκληση και ο συντονισμός του έργου της Εθνικής Επιτροπής Σχεδιασμού και Συντονισμού για την Αντιμετώπιση των Ναρκωτικών και η εκπροσώπηση της χώρας σε διεθνείς οργανισμούς για τα ναρκωτικά. Ο Εθνικός Συντονιστής είναι μέλος της Διυπουργικής Επιτροπής, στην οποία παρουσιάζει το Σχέδιο Δράσης προς έγκριση και τις ετήσιες αναφορές παρακολούθησής του. Αναλυτικά οι αρμοδιότητες του Εθνικού Συντονιστή περιγράφονται στην παράγραφο 2γ του  Άρθρου 20 του Ν. 4208/2013: Ρυθμίσεις Υπουργείου Υγείας και άλλες διατάξεις (608809), όπου τροποποιείται το Άρθρο 49 του Ν. 4139/13.