Το ΕΚΤΕΠΝ στο πλαίσιο της συστηματικής παρουσίασης της υπάρχουσας εθνικής πολιτικής και νομοθεσίας για τα ναρκωτικά βρίσκεται σε συνεργασία τόσο με τον/την Εθνικό/ή Συντονιστή/στρια για τα Ναρκωτικά όσο και με τα αρμόδια Υπουργεία και φορείς.  

Ο συντονισμός στον τομέα των ναρκωτικών προβλέπεται στον Νόμο 4139/13 ΦΕΚ Α 74/20/3/2013, σύμφωνα με τον οποίο ανώτερο συντονιστικό όργανο αποτελεί η Διυπουργική Επιτροπή για το Εθνικό Σχέδιο Δράσης κατά των Ναρκωτικών, η οποία αποτελείται από 10 Υπουργούς και τον Πρόεδρο της Διαρκούς Επιτροπής Κοινωνικών Υποθέσεων της Βουλής. Στην Επιτροπή προεδρεύει ο Πρωθυπουργός. Οι αρμοδιότητες της Επιτροπής είναι η έγκριση, η παρακολούθηση και η αξιολόγηση του  Εθνικού Σχεδίου Δράσης για τα Ναρκωτικά. 

Το Εθνικό Σχέδιο Δράσης για τα Ναρκωτικά εκπονεί η Εθνική Επιτροπή Σχεδιασμού και Συντονισμού για την Αντιμετώπιση των Ναρκωτικών (ΕΕΣΣΑΝ), μέλη της οποίας είναι εκπρόσωποι των Υπουργείων που συμμετέχουν στη Διυπουργική Επιτροπή, καθώς και εκπροσώπους των αναγνωσρισμένων φορέων για την πρόληψη και την αντιμετώπιση της ουσιοεξάρτησης, του ΕΠΙΨΥ και του ΕΚΤΕΠΝ. Εκτός από την εκπόνηση του Εθνικού Σχεδίου Δράσης για τα Ναρκωτικά, αρμοδιότητα της Επιτροπής είναι η προώθηση των αναγκαίων μέτρων για την εφαρμογή και την παρακολούθησή του, καθώς και η ανάπτυξη διεθνών συνεργασιών. Πρόεδρος της Επιτροπής είναι ο/η εκάστοτε Εθνικός/ή Συντονιστής/στρια για τα Ναρκωτικά.

Ο/Η Εθνικός/ή Συντονιστής/στρια για τα Ναρκωτικά ορίζεται από τον Πρωθυπουργό με πενταετή θητεία. Οι αρμοδιότητές του/της είναι η σύγκληση και ο συντονισμός του έργου της Εθνικής Επιτροπής Σχεδιασμού και Συντονισμού για την Αντιμετώπιση των Ναρκωτικών και η εκπροσώπηση της χώρας σε διεθνείς οργανισμούς για τα ναρκωτικά. Ο/Η Εθνικός/ή Συντονιστής/στρια είναι μέλος της Διυπουργικής Επιτροπής, στην οποία παρουσιάζει το Σχέδιο Δράσης προς έγκριση και τις ετήσιες αναφορές παρακολούθησής του. Αναλυτικά οι αρμοδιότητες περιγράφονται στην παράγραφο 2γ του  Άρθρου 20 του Ν. 4208/2013: Ρυθμίσεις Υπουργείου Υγείας και άλλες διατάξεις (608809), όπου τροποποιείται το Άρθρο 49 του Ν. 4139/13.